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Bericht über gute Schwingungen bei der Bindung von DNA-Quadruplexen an eine IR-Sonde mit verstärktem Ruthenium-Polypyridyl im angeregten Zustand

Titel Bericht über gute Schwingungen bei der Bindung von DNA-Quadruplexen an eine IR-Sonde mit verstärktem Ruthenium-Polypyridyl im angeregten Zustand
Autoren Mark Stitch, Davide Avagliano, Daniel Graczyk, Ian P. Clark, Leticia González, Michael Towrie, Susan J. Quinn
Zeitschrift Zeitschrift der Amerikanischen Chemischen Gesellschaft
Datum 09/22/2023
DOI https://doi.org/10.1021/jacs.3c06099
Einführung Die Studie zeigt, wie der Ru(II)-Polypyridylkomplex mit Nitril als empfindliche Infrarotsonde für G-Quadruplex-Strukturen wirkt. Die UV-visuelle Absorptionsspektroskopie zeigt eine enantiomerspezifische Bindung für die hybriden htel(K) und antiparallelen htel(Na) G4s, die durch die menschliche Telomersequenz gebildet werden. Zeitaufgelöste Infrarotspektroskopie (TRIR) des Komplexes bei 400 nm Anregung zeigt dominante Wechselwirkungen mit Guaninbasen für Λ-1/htel(K), Δ-1/htel(K) und Λ-1/htel(Na) Bindungen. Umgekehrt interagiert die Δ-1/htel(Na)-Bindung mit Thymin- und Adeninbasen in der Schleife. Der Nitril-Transient bei 2232 cm-1 verschiebt sich linear zu einer niedrigeren Frequenz, wenn die Wasserstoffbrückenbindungsumgebung in DMSO/Wasser-Gemischen abnimmt und dient als Indikator für die Nitrilumgebung in der Bindungstasche. Die Lebensdauer des Komplexes in D2O nimmt nach der DNA-Bindung zu, was auf einen größeren Schutz vor der Lösungsmittelumgebung hindeutet, was durch Molekulardynamiksimulationen und Berechnungen der Bindungsenergie bestätigt wird. Dies unterstreicht die Nützlichkeit von IR-Sonden bei der Bestimmung der Bindungsstellen photoaktiver Wirkstoffe und ihr Potenzial bei der Erfassung biologischer Umgebungen.
Zitat Mark Stitch, Davide Avagliano und Daniel Graczyk et al. Good Vibrations Report on the DNA Quadruplex Binding of an Excited State Amplified Ruthenium Polypyridyl IR Probe. J. Am. Chem. Soc. 2023. Vol. 145(39):21344-21360. DOI: 10.1021/jacs.3c06099
Element Ruthenium (Ru) , Natrium (Na) , Kalium (K)
Materialien Chemische Verbindungen
Themen Photonische und optoelektronische Materialien , Biomedizinische Materialien
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